Մալթայում հայերի ներկայության առաջին վկայությունները վերագրվում են 14-րդ դարին, երբ Կիլիկյան Հայաստանի անկումից հետո այստեղ հանգրվանեցին որոշ ասպետներ։
1620 թ.-ին Լուսինյանների դինաստիայի հետնորդներից մեկի՝ ասպետ Ժան դե Բելեյ Բալլի դե Արմենիայի հատկացված միջոցներով կառուցվել է Տիրամոր Լիեսի եկեղեցին /Church of Our Lady of Liesse/։
Ներկայումս Մալթայի հայ համայնքը, որ փոքրաթիվ է` շուրջ 500 հոգի, ակտիվորեն ներգրավված է երկրի կյանքի տարբեր ոլորտներում: Նա հիմնականում կազմված է երիտասարդ ընտանիքներից, որոնք արտագաղթել են 1990-ական թվականներին Հայաստանից և ԱՊՀ երկրներից ԽՍՀՄ-ի փլուզումից հետո:
Մալթայի հայերի առաջին համաժողովը անցկացվել է 2009թ., երբ համայնքը պաշտոնապես գրանցում է ստացել: Նույն թվականի դեկտեմբերի 22-ին Վալլետայում տեղադրվել է հայկական խաչքար` «ի նշան երախտագիտության Մալթային` 1375 և 1915 թթ. հայ ժողովրդի համար ողբերգական օրերին կղզում հանգրվանած հայերին օգնելու համար»։